在商标的国际注册方面，常见的方式是马德里国际注册和逐一国家注册，在选择注册方式之前，有必要先对这两种方式进行一些介绍和比较。
《商标国际注册马德里协定》及《商标国际注册马德里协定有关议定书》（以下简称马德里注册）
《商标国际注册马德里协定》1892年4月14日签订于西班牙首都马德里，于1892年生效，至今已有一百多年的历史。现有的协定成员国分别是阿尔巴尼亚、亚美尼亚、奥地利、阿塞拜疆、波斯尼亚-黑塞哥维那、保加利亚、比荷卢、白俄罗斯、瑞士、古巴、捷克共和国、德国、阿尔及利亚、埃及、西班牙、法国、克罗地亚、匈牙利、意大利、吉尔吉斯斯坦、朝鲜民主主义人民共和国、哈萨克斯坦、列支敦士登、利比里亚、拉脱维亚、摩洛哥、摩纳哥、摩尔多瓦共和国、前南斯拉夫马其顿共和国、蒙古、纳米比亚、波兰、葡萄牙、罗马尼亚、俄罗斯联邦、苏丹、叙利亚、斯洛文尼亚、斯洛伐克、圣马力诺、塔吉克斯坦、乌克兰、乌兹别克斯坦、越南、塞尔维亚和黑山、塞拉利昂、肯尼亚、斯威士兰、莫桑比克、莱索托、不丹、伊朗伊斯兰共和国、塞浦路斯。
《协定》要求使用的语言为法语
1989年6月27日，又在西班牙马德里签订了《商标国际注册马德里协定有关议定书》，申请人指定的国家包含至少一个纯议定书成员国时可以选择使用英语或法语。
纯议定书缔约方：英国、丹麦、芬兰、挪威、瑞典、冰岛、立陶宛、格鲁吉亚、爱沙尼亚、土耳其、土库曼斯坦、日本、安提瓜和巴布达、希腊、新加坡、澳大利亚、赞比亚、爱尔兰、韩国、美国、荷属安的列斯、欧盟。
通过世界知识产权组织的国际局向马德里协定和议定书成员国申请注册，手续简单方便、省钱。申请人可以就一个商标，递交一个申请，按国家数缴纳费用，在马德里协定和议定书成员国范围内指定商标保护的国家。
马德里成员国各自都有自己的商标制度，对于希望在马德里联盟成员国得到保护的申请人，可以通过马德里国际注册得到保护，也可以向成员国进行逐一国家申请注册得到保护。
注册的程序：
1、商标国际注册的申请日期，以中国国家商标局收到申请书件的日期为准。申请手续齐备并按照规定填写申请书件的，编定申请号，中国国家商标局在三十天内将申请书件（英文或法文）寄国际局；
2、国际局收到中国国家商标局转去的商标国际注册申请后，认为手续齐备，商品和服务类别及名称填写正确的，即予以注册；认为手续不齐备的，将暂缓注册，并通知商标局。商标局在收到国际局通知之日起15天内通知申请人或代理人齐备手续；
3、商标国际注册后，国际局即公告。商标国际注册申请时指定的各保护国家，将根据各自的国家法律决定是否予以保护，并需向国际局声明该驳回。协定书规定，声明驳回的时限最多为一年，也就是说，如果指定保护申请在一年时限内未遭到驳回，则该申请自动得到保护（按议定书的规定，成员国可根据需要，将有权驳回时限延长至18个月）；
4、国际局将马德里国际注册文件直接寄给申请人，如果申请人指定了代理人的，则寄给代理人。
补救措施：商标所有人或其代理人收到成员国驳回抄件后，若不服，可以按驳回国家的法定程序进行申诉。
马德里国际注册方式与逐一国家注册方式的比较：
1、手续的简便程度
如果通过马德里国际注册方式，商标申请人可仅通过向主管局提交一份申请而在多个被指定国同时获得商标保护，申请手续比较简便，相比来说逐一国家注册的手续要烦琐一些。
2、所需费用
马德里注册须缴纳基础规费，每增加一个指定国家，再增加一定的规费。前述均指协定书成员国，如果指定议定书成员国，规费单独计算。
逐一国家注册的费用情况则视国家不同而不同，比如日本、沙特阿拉伯就最贵，要4000美元左右，东南亚国家就便宜一些。
3、所需时间
从国际注册日起，如果被指定国在规定的期限内（依照协定书为12个月，依照议定书为18个月）没有向国际局发出驳回通知，该商标将在该指定国自动得到保护。如果逐一国家申请注册商标，取得商标专用权所需的时间不等，如法国、缅甸、丹麦、英国为半年，以色列及中国香港为一年，赛浦路斯为四年，印度为五到六年。
4、注册范围的限制
马德里联盟成员国偏重于欧洲国家，一些同我国贸易联系密切的国家，诸如加拿大及东南亚国家目前还不是成员国。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册；逐一国家注册是直接向该国家提出商标注册申请，基本上不受前述的限制。
5、对基础注册的要求
马德里协定规定，申请国际注册的商标必须是在其国内已经注册的商标，在国内未经商标主管部门核准注册的商标，申请人不得将其申请国际注册。而《议定书》则规定，申请人不但可以以其商标在原属国的注册为依据，而且可以以其向商标主管部门递交的国家注册申请为依据，提出国际注册申请。
从2008年9月1日开始，只有指定纯协定成员国才以本国注册为前提，也即，议定书成员国或既加入协定书又加入议定书的成员国全部以本国申请为前提，申请人无须再提交注册证书复印件。
如果通过逐一国家注册方式申请注册商标，大多数国家对基础注册不作要求，只有少部分国家对商标的实际使用有要求，例如美国，申请人对申请注册的商标或者已经实际使用，或者准备使用该商标，才能申请注册该商标，注册之后，申请人还要在一定期限内向美国专利商标局提供证据证明自己在持续使用该商标。
6、注册效力
由于国际注册要求以国内申请/注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况又被称之为“中心打击原则”。
通过逐一国家注册方式取得的商标权一般不会有这种情况。
7、注册证
通过马德里国际注册方式注册商标，申请人不能得到各指定国家颁发的商标注册证，如果需要得到注册证明（例如申请人的商标在指定国家被他人侵权，要向指定国家主管机关投诉时），必须向该指定国家主管机关提出申请，由该国家的主管机关出具商标注册证明。
通过逐一国家注册方式注册商标后，可以取得该国颁发的商标注册证。
申请人如果要在中国以外的其他国家或地区申请注册商标，可以结合自身的实际情况，比较各种注册方式在各方面的优缺点，作出自己的选择。